Emanuele Pessagno est né durant le dernier quart du XIIIe siècle dans une famille de marins, commerçants et hommes politiques originaire de la Val Graveglia, à l'intérieur de la Ligurie. De là, les Pessagno s'étaient transférés d'abord, à la fin du XIIe siècle, à Lavagna et puis, à une date inconnue, à Gênes qui est devenue leur résidence définitive. Depuis lors, la famille habitait ad Modulum in contrata Sancti Marchi, donc dans le quartier du Môle, fermant le port naturel de la ville. Il s'agissait d'un endroit particulièrement adapté pour apprendre l'art de la navigation et où, en suivant un rituel précis et rigoureux observé jusqu'au XVe siècle, s'embarquaient les commandants des galères génoises.

Emanuele avait trois frères : Antonio, Leonardo et Filippo dit Pessanigno, tous comme lui des sabedores de mar dédiés aux activités maritimes et au commerce.Les parcours professionnels des quatre frères se croisèrent souvent, ce qui indique le fait qu'il soient toujours restés en relation entre eux, en bâtissant des espèces de carrières parallèles mais en s'assistant entre eux, si nécessaire.