Un modèle écophysiologique déterministe de la croissance, de la reproduction et des interactions entre le bivalve et son environnement estuarien a été élaboré pour l'huître japonaise Crassostrea gigas. Pour fonctionner, le modèle a besoin de la température de l'eau, des concentrations en matière en suspension, matière organique particulaire, matière minérale particulaire, chlorophylle-a, phéopigments, protéines, lipides et glucides particulaires. Les fonctions de filtration, consommation, ingestion, absorption et respiration ainsi que les efficacités de rétention, sélection et absorption sont modélisées à l'aide de variables endogènes (poids sec de l'animal, allocation d'énergie entre la croissance et la reproduction) et exogènes (température, quantité et qualité de la nourriture). Le modèle simule l'évolution temporelle de deux compartiments : somatique et réserves-gonades. L'énergie provenant de la nourriture absorbée est allouée au compartiment somatique jusqu'à un maximum de croissance somatique. Ce maximum décroît avec l'âge du bivalve et ne dépasse jamais 0,02 g.j−1.individu−1. L'énergie en excès est alors attribuée au compartiment réserves-gonades. Cette représentation permet d'identifier les périodes de stockage de réserves et de gamétogénèse ainsi qu'une bonne simulation de l'intensité des pontes. Le modèle tient compte d'une efficacité de sélection plus importante pour les microphytes que pour les particules détritiques. L'efficacité d'absorption a été représentée en fonction du pourcentage de matière organique dans la fraction ingérée afin de tenir compte de la dilution de la nourriture par les particules minérales. L'efficacité d'absorption des microalgues varie de 20 à 60 %, tandis que pour les particules organiques détritiques, le modèle simule des valeurs négatives pour tenir compte des pertes fécales métaboliques. Ces formulations permettent de suivre l'évolution temporelle des quantités de microphytes et de matières détritiques rejetées sous la forme de pseudofèces et de fèces.