La minéralisation des eaux de la rivière Lot augmente de l'amont vers l'aval ; ses variations sont essentiellement déterminées par les fluctuations de débit de l'affluent principal (la Truyère) moins minéralisé. Les teneurs en sels nutritifs (azote, phosphore, silice) évoluent selon un cycle saisonnier parallèlement au développement des algues planctoniques. Le transport chimique, faible dans la partie haute, augmente dans la zone aval du bassin versant où se concentrent les activités agricoles. Les caractéristiques chimiques témoignent cependant d'une influence humaine relativement modérée sur l'ensemble du cours.