Les termes du bilan hydrique des étangs du système Vaccarès sont analysés. Les pluies et l'apport d'eau de drainage agricole constituent l'essentiel de l'actif du bilan auquel s'ajoutent éventuellement les entrées d'eau de mer, volontaires ou accidentelles, les entrées d'eau douce volontaires et les apports des eaux souterraines. L'évaporation et l'évacuation en mer du trop-plein des étangs constituent l'essentiel des sorties d'eau. Malgré la rareté de l'information, la quantification des termes du bilan est tentée en première approche. Pour une période donnée, la prépondérance des entrées d'eau sur les sorties, ou inversement, se traduit par un stockage ou un destockage et par des variations du niveau et de la salinité des étangs.