C'est avec la grammaire générative (cf. Chomsky, 1966) que la discussion sur les rapports entre l'analyse linguistique et le rationalisme est devenue particulièrement abondante, en même temps qu'elle devenait une affaire idéologique concernant un large public. En présentant sa Cartesian Linguistics comme un chapitre dans l'histoire du rationalisme, Chomsky a prétendu avec éclat que: (i) il y aurait une tradition rationaliste ayant des idées précises sur le langage, liée aux thèses cartésiennes et à la grammaire générale de Port-Royal; (ii) la grammaire générative reprendrait cette tradition et lui apporterait une confirmation définitive. De manière générale, la validité historique des thèses de Chomsky a été contestée avec succès par les historiens: qu'il s'agisse de l'idée d'une linguistique cartésienne (Salmon, 1969; Aarsleff, 1982), de la prédominance du rationalisme aux dix-septième et dix-huitième siècles (Joly, 1977 et 1985), de l'identité de démarche entre Port-Royal et la grammaire générative (Pariente, 1975, 1985), voire même de la définition du rationalisme classique (Cooper, 1972 et la réponse dans Chomsky et Katz, 1975).