Le Riou-Mort draine le bassin houiller de Decazeville, région fortement industrialisée dont il reçoit les eaux usées. La chimie et les algues benthiques ont été étudiées dans 14 stations sur le Riou-Mort et ses affluents ainsi que dans 7 stations sur la rivière Lot. Le Riou-Mort et ses affluents sont sévèrement pollués en aval des principaux centres industriels par les effluents de diverses usines dont une fonderie de zinc. Les principaux polluants sont des solides en suspension, du zinc, du cadmium, du cuivre, de l'acide sulfurique et du manganèse. La rivière Lot transporte des teneurs élevées de zinc et de cadmium en aval du confluent du Riou-Mort ; les teneurs en zinc persistent au moins 40 km vers l'aval. La flore d'algues benthiques change de façon marquée au niveau des sources de pollution. Pour une pollution "modérée" par les métaux lourds, les communautés de l'amont, dominées par Cladophora glomerata, Ulothrix zonata, Vaucheria sp., Melosira varians et Synedra ulna sont remplacées, en aval, par des communautés dominées par Stigeoclonium tenue, Gongrosira incrustans, Gomphonema parvulum et Surirella ovata. Pour une pollution extrême par métaux lourds, aucune espèce d'algue ne subsiste en certaines stations tandis qu'en d'autres, la flore est réduite à deux espèces : Gomphonema parvulum et Achnanthes minutissima. Les effets les plus sévères sur les algues benthiques sont produits par de fortes concentrations en solides en suspension combinées à de fortes teneurs en zinc et en cadmium.