L'examen des relations entre les données biologiques (macrofaune benthique) et les variables du milieu, recueillies conjointement dans 9 lacs jurassiens, est effectué à l'aide d'une analyse de co-inertie. La forte corrélation entre les deux séries de variables valide la classification biologique proposée antérieurement et permet de préciser la signification des deux indices utilisés. L'indice biologique littoral (Bo) est associé au potentiel trophique du système et l'indice de déficit faunistique (Bz) traduit l'évolution de la qualité chimique de l'eau et des sédiments selon la profondeur. Les lacs les plus biogènes, définis par les indices les plus élevés, sont corrélés positivement avec la minéralisation (conductivité, bicarbonates, Ca/Si des sédiments) et avec l'oxygénation hypolimnétique (saturation en O2 dissous, potentiel redox) et correlés négativement d'une part, avec la teneur du sédiment en matière organique et les paramètres associés (COT, NT, Fe, Si) et d'autre part, avec la concentration en orthophosphates, en sels ammoniacaux et la biomasse algale (Chl a). L'analyse de co-structure, en accord avec la tendance corrélative de Bo et Bz , étaye une combinaison des deux critères dans un indice global de valeur biogène. Toutefois, la corrélation entre Bo et Bz n'est pas généralisable et les deux indices sont utilisés pour définir le type biologique d'un lac et interpréter la note globale. La discussion des résultats suggère une révision du classement des lacs par une recherche des conditions de transformation et de transfert de la matière assimilable aux organismes consommateurs.